항공전자공학과에서는 전통의 전자공학 관련 내용과 항공전자공학 기반 기술을 연구하고 교육한다. 이를 위하여 회로, 반도체, 제어, 통신 등과 관련된 이론과 창의적인 연구를 수행할 수 있는 기반 기술을 갖춘 전문 인력을 양성하며, 항공시뮬레이터, 위성전자시스템, 레이다공학, 항공통신시스템, 자동항행시스템, 항공전자시스템 등 관련된 최첨단 항공전자공학과 관련된 이론과 그 응용에 관한 내용을 습득하여 산업계와 연구소에서 필요로 하는 핵심 기술을 갖춘 고급 전문 인력을 양성한다. 또한 본 학과에서는 최첨단 연구시설, 실험기자재 및 각종 시뮬레이션 소프트웨어를 이용한 실용적인 수업을 진행함으로써 학문 발전과 산업체의 기술 발전에 도움을 주며, 궁극적으로 미래의 산업 사회에 기여할 수 있는 전문 인력을 양성한다.